بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی

Authors

حمیدرضا مقام نیا

دانشجوی کارشناسی ارشد بیماری شناسی گیاهی، دانشگاه کردستان محمد حاجی زاده

استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کردستان عبدالباسط عزیزی

استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کردستان

abstract

پروتئین پوششی نقش های متعددی را در مراحل سیکل آلودگی به عهده دارد و گزینه مناسبی برای مطالعات تبارزایی و تنوع ژنتیکی به حساب می آید. به منظور بررسی آنالیز تبارزایی، تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب بر ژن پروتئین پوششی جدایه های ویروس موزاییک زرد کدو (zymv)، هفت جدایه b10، b21، b22، h7، w5، z3 و z14 از غرب کشور و از میزبان های متفاوت تعیین توالی و با 65 جدایه قابل دسترس در پایگاه داده های نوکلئوتیدی مورد مقایسه قرار گرفتند. درخت تبارزایی جدایه های این ویروس بر اساس 432 نوکلئوتید از ژن پروتئین پوششی در نرم افزار mega6 ترسیم و برآوردهای تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب وارد بر پروتئین پوششی با نرم افزار dnasp انجام شد. در آنالیز تبارزایی، جدایه ها در سه گروه مجزا تفکیک شدند که جدایه های b10، b21، b22، h7 و z3 در گروه جدایه های ایرانی و اروپایی و دو جدایه z14 و w5 در گروهی مجزا همراه با جدایه های شرقی قرار گرفتند. تنوع ژنتیکی (π) بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی(cp) نشان داد که جدایه های شرق نسبت به جدایه های ایران، اروپا و آمریکا بیشترین تنوع (π=0.104) را دارند. همچنین، این قسمت از ژنcp در جدایه های آمریکا از کمترین تنوع (π=0.0211) برخوردار بود. کمتر از یک شدن نسبت جانشینی مترادف (ds)به غیر مترادف (dn) بیانگر نقش مؤثر انتخاب منفی در تکامل این ژن بوده است. بررسی نوترکیبی با نرم افزار version 4.63 rdp4 حاکی از عدم نوترکیبی در این بخش از ژنوم بود و به نظر می رسد که تغییرات آن در اثر جهش حاصل شده باشد.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد کدو بر اساس قسمتی از ژن پروتئین پوششی

پروتئین پوششی نقش‌های متعددی را در مراحل سیکل آلودگی به عهده دارد و گزینه مناسبی برای مطالعات تبارزایی و تنوع ژنتیکی به حساب می‌آید. به منظور بررسی آنالیز تبارزایی، تنوع ژنتیکی و فشار انتخاب بر ژن پروتئین پوششی جدایه‌های ویروس موزاییک زرد کدو (ZYMV)، هفت جدایه B10، B21، B22، H7، W5، Z3 و Z14 از غرب کشور و از میزبان‌های متفاوت تعیین توالی و با 65 جدایه قابل دسترس در پایگاه داده‌های نوکلئوتیدی مو...

full text

تعیین ترادف ژن پروتئین پوششی دو جدایه ایرانی ویروس موزائیک هندوانه و بررسی جایگاه فیلوژنتیکی آنها

چکیده ویروس موزاییک هندوانه (WMV) Watermelon mosaic virusمتعلق به جنس Potyvirus و خانواده Potyviridae از ویروس‎‎های مهم آلوده کننده کدوئیان در دنیا محسوب می­شود. دو جدایه این ویروس به نام‎های YAZ.WMV.41 و YAZ.WMV.55 از مزارع خیار و طالبی استان یزد جمع‎آوری گردید. آلودگی نمونه‎ها با آزمون سرولوژیکی الایزای مستقیم و غیرمستقیم و آنتی بادی پلی‌کلونال این ویروس بررسی شد. این دو جدایه در مقابل آنتی‎...

full text

خالص‌سازی و تعیین ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل ویروس موزائیک زرد کدو- جدایه فارس

ویروس موزائیک زرد کدو (Zucchini yellow mosaic virus) ازنمونه‌های کدوی دارای علایم موزائیک، تاولی شدن و بدشکلی برگ و میوه و کاهش رشد از مزارع منطقه کفترک شیراز به کمک آزمون الیزا، جداسازی و یک نمونه به‌عنوان جدایه فارس این ویروس ((ZYMV-F به منظور انجام مراحل بعدی تحقیق بررسی شد. ZYMV-F در شرایط گلخانه در کدو تکثیر و از بافت‌های آلوده برای خالص‌سازی فیزیکی ویروس استفاده شد. از آنتی‌سرمب...

full text

بررسی ساختار و روابط تبارزایی پروتئین پوششی جدایه‌های ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلای ایران

ویروس موزائیک زرد لوبیا (Bean yellow mosaic virus) یکی از ویروس‌های متعلق به جنس پوتی‌ویروس، دارای دامنه میزبانی وسیع و پراکندگی جغرافیایی گسترده‌ای می‌باشد. این ویروس سالیانه خسارت بالایی به حبوبات مختلف از جمله باقلا در ایران وارد می‌کند. در این پژوهش13 جدایه‌ ویروس موزائیک زرد لوبیا از مزارع باقلای استان‌های مختلف ایران (استان‌های سیستان و بلوچستان، هرمزگان، کرمان، خوزستان، فارس، لرستان، ایل...

full text

بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های ویروس موزائیک جنوبی مرغ بر اساس ترادف نوکلئوتیدی ناحیه ´۳ ژنوم

ویروس موزائیک جنوبی مرغ (bermuda grass southern mosaic virus, bgsmv)، فراوان ترین ویروس مولد موزائیک در مرغ در نواحی گرمسیری جنوب ایران می باشد. به منظور تعیین تنوع ژنتیکی bgsmv، گیاهان مرغ با علائم موزائیک از جیرفت، بوشهر، برازجان، رامهرمز، اندیمشک، شوشتر، بهبهان و داراب جمع آوری و ناحیه ´3 ژنوم آنها با استفاده از آغازگرهای اختصاصی این ویروس با روش rt-pcr تکثیر و همسانه سازی شد. ناحیه cp-utr ا...

full text

My Resources

Save resource for easier access later


Journal title:
آفات و بیماریهای گیاهی

جلد ۸۴، شماره شماره ۲، صفحات ۳۰۱-۳۱۲

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023